Elías, da igual el número total de ficheros que borraste, o si borraste unos después de otros. El verdadero problema lo tienes si después de borrar los ficheros .CR2 escribistes algo en el disco. Si es así, entonces recuperar todos los ficheros va a ser casi imposible. Si el software de reparación lo has instalado en la misma partición donde tenías los ficheros que quieres recuperar entonces puedes que hayas reutilizado los sectores donde tenías información de las fotos.
A ver, me explico mejor, aunque simplificando muchísimo.
Los ficheros están guardados dentro de los discos en sectores, cada sector, dependiendo del tipo de sistema de ficheros que tengas en tu disco, puede ser de más o menos capacidad (512 bytes a 32 Kbytes es lo normal). Por lo tanto un fichero está almacenado en N sectores que pueden estar repartidos por todo el disco. Bien, para saber qué sectores pertenecen a cada fichero existe la
FAT (File Allocation Table), que tiene múltiples entradas que dicen que al fichero tal le corresponden los sectores fulano, mengano y zutano.
Cuando borras un fichero, simplemente marcas en la FAT que ese fichero ha sido borrado, pero no sobreescribes sus sectores en el disco. Si se hiciera así, entonces borrar un fichero de 1Gb tardaría muchísimo porque tendría que escribir 1 Gb de información en el disco. Es decir, cuando borras un fichero la información sigue estando ahí, pero los sectores del disco quedan disponibles para que puedan ser utilizados para guardar nuevos ficheros.
Por lo tanto, en el momento que vuelves a escribir cosas en el disco duro una vez borrado un fichero, tienes muchas posibilidades de que la información que escribas machaque toda la información que querías recuperar.
Conclusión, cuando se borra un fichero y nos damos cuenta en seguida de nuestro error y queremos recuperarlo, recomiendo, para una recuperación segura, apagar el PC, extraer el disco duro, conectar este disco duro a otro PC y desde éste recuperar la información borrada. Evidentemente, si en el disco duro se disponen de varias particiones entonces no es necesario extraer el disco duro, puedes instalar el software de recuperación en una partición distinta a la que tiene los datos a recuperar y ya está.
Espero haberte aclarado algo la cosa.
Saludos