Si por "hacer HDR" entiendes usar un programa de mapeo de tonos tipo Photomatix o el propio HDR de Photoshop, los resultados serán difícilmente creibles. Si eso es lo que buscas adelante, pero si lo que quieres es salvar una escena de alto rango dinámico con un resultado natural y que siga pareciendo una foto, mi consejo es que te olvides de ese tipo de software.
En cualquier caso reducir el ruido de las partes oscuras de una imagen con varias tomas a diferente exposición no implica en absoluto tener que usar dichos programas. Puedes hacerlo de un modo totalmente manual como dice Héctor (y él sabe muy bien de lo que habla); basta revelar los diferentes RAW y con máscaras de capa coger lo mejor de cada imagen (luces no quemadas del RAW menos expuesto, sombras sin ruido del RAW más expuesto). Hay muchos tutoriales al respecto.
Aquí tienes un tutorial para hacer la fusión de dos RAW de diferente exposición en Photoshop. Los resultados con dos tomas separadas 3 ó 4 pasos, si están inteligentemente realizadas (es decir la menos expuesta ha de ser una toma lo más expuesta posible antes de quemar las luces), son espectaculares.
La gente que usa una barbaridad de capturas (5 ó más) para salvar una situación de alto contraste está matando moscas a cañonazos y demuestra no tener mucha idea del concepto de rango dinámico y de cómo capturarlo con una cámara digital.
Salu2