La explicación es sencilla... yo te cuento lo que hace Canon... pero me imagino que en Nikon será igual o parecido...
En la cámara puedes elegir ciertos modos de disparo, modificando la saturación, el contraste, en B&N, sepias, y cosas de esas... que cuando se dispara en JPEG está claro lo que que ocurre... y es que la imagen es guardada en la tarjetas según esos parámetros.
Pero que ocurre cuando se dispara en RAW, por lógica el RAW es lo que captura el sensor y se guarda en la tarjeta sin modificaciones por parte de la cámara... pero claro... yo le he dicho que lo haga en B&N y en la pantalla de la cámara así lo muestra.
Qué ocurre entonces?
Sencillo.
La cámara guarda en el RAW como metadatos ese "estilo" que le has querido dar. Luego en el ordenador con el programa de turno al procesar el RAW te lo mostrará según los parámetros que indicaste en la cámara.
Sólo hay un problema... UNICAMENTE el programa del fabricante reconoce esa información guardada en el RAW... por tanto si le procesas con el programa de Canon (o del fabricante que corresponda) sí te reconocerá que la has hecho en B&N pero si lo haces en Bridge, Lightroom o cualquier otro... pues seguramente ninguno lo reconozca e ignore esa información.
Otra historia es si merece la pena disparar en B&N, yo creo que sí... lo he hecho más de una vez. Hay ciertos casos en los que ya se veo claramente que las fotos las voy a procesar en B&N (porque haya mala luz, por le motivo que sea) con lo que ya disparo en B&N y voy viendo en la pantalla el resultado.
Además es algo que sobre todo hago con la compacta... vamos... que ahí no hay manera de recuperar el color... así van.
De la misma manera que hay días que salgo sólo con un 20mm o con el 50mm. Son los días en los que voy a disfrutar de la fotografía... sin agobios, sin prisas... a lo que salga, y si no sale nada... pues ni tan mal... tampoco pasa nada.