5d mark II es un poco mejor en rango dinámico.
http://www.dxomark.com/index.php/eng/Image-Quality-Database/Compare-cameras/%28appareil1%29/296|0/%28appareil2%29/305|0/%28onglet%29/0/%28brand%29/Nikon/%28brand2%29/Canon
Esta semana precisamente estuve viendo esa comparativa a propósito de un amigo que tiene la alpha 900 (que por cierto estoy probando el revelador de raw de DxO y estoy gratamente sorprendido por el tratamiento del ruido)
La verdad es que viendo que estos análisis, uno al final no sabe con que quedarse
y no se bien si los métodos de comparativa son fiables o si los resultados son objetivos y no están condicionado por presiones de las marcas.
Respecto al rango dinámico yo tengo también en cuenta la posibilidad que ofrece de ampliar un paso mas el rango dinámico la Mark II (activando en funciones personalizadas la "prioridad altas luces" y que ya tienen otras Canon y que como consecuencia pierde un poco de contraste al menos en mi 40d) y que significaría que la Canon supera a Nikon en este punto (aunque no por mucho).
El caso es que yo estuve viendo este que la pone por encima en rango dinámico y muy cerca en ruido (en teoría sin ese paso de rango dinámico ampliado que contaba antes)
http://www.dpreview.com/reviews/canoneos5Dmarkii/page25.aspO en esta que hace un análisis del ruido en ambas y presenta dudas sobre cual es la mejor en función del tamaño de la imagen y la calidad del objetivo empleado
http://www.photographybay.com/2008/12/27/canon-5d-mark-ii-vs-nikon-d700-in-depth-iso-comparison/