Sí... LR en ese aspecto funciona muy bien, pero hay que tener claro esos conceptos de copia virtual, foto master, etc...
Las copias virtuales tienen un esquinita doblada, las masters no. Si borras una master, te borra la master y todas las virtuales que de ella dependen. Si borras una virtual ni siquiera pide confirmación porque "sólo" es virtual.
Si al final te gusta más el proceso hecho en la virtual y quieres borrar la master y quedarte sólo con la virtual, debes convertir la virtual en master, y la que antes era master pasa a ser virtual, pudiéndola borrar sin miedo.
Siempre que se vaya a borrar algo del disco duro... el mensaje es más claro.