Que Photoshop esté de una manera y LR de otra no importa. Photoshop utiliza el perfil para los documentos nuevos no para los que se abren y ya tienen un perfil asignado.
Un poco más abajo están las alarmas, para que te avise cuando un perfil asignado a una foto no corresponde con el de trabajo, pero esta es otra historia.
De hecho yo creo que es más correcto tener como perfil de trabajo sRGB ya que es el más estándar, este perfil será asignado a los documentos nuevos que creemos en PS, que desde luego no creo que sean muchos.
Lo que si sería un error sería crear un documento con Prophoto para luego... no sé.
En calquier caso, si las fotos tienen perfiles asignados, como los que crea LR al editar en PS, da igual el espacio de color de trabajo en PS.
Para que os quede más claro, y para evitar sustos, en la esquina inferior de las ventanas de Photoshop, hay un triangulito en el que podemos elegir que información aparecerá ahí. Yo tengo puesto que me muestre el perfil de la foto, así no me despisto y en todo momento sé que perfil tiene la foto y sé que hacer en cada caso.
El perfil que utiliza LR a la hora de enviar a PS viene definido en las preferencias de "edición externa", Prophoto es espacio de color más amplio, pero ningún monitor es capaz de mostrar todo ese espacio, lo normal es que esté incluso por debajo de AdobeRGB.
Eso sí, si se trabaja en AdobeRGB y luego se convierte mal, las fotos salen un poco "cagadas", pero si se trabaja en ProPhoto y se hace mal algo... la cagada es PRO!!!