Igual es una chorrada, pero....
¿cuando importas fotos al catalogo de lightroom, no te pregunta si evita duplicados?
Yo lo que haría sería, del disco donde tengas todas las fotos, pincharlo en otro equipo con lightroom, decir que importe fotografias evitando duplicados, y una vez las tuviese importadas, exportarlas de nuevo a otro sitio, eso si, ya sin duplicados....
No se si te servirá de algo....
Un saludo.
Pascual