Sí es cierto que el histograma que muestra la cámara no es del RAW si no de la miniatura del JPEG (excepto, me parece, una Leica que si tiene histograma de raw pero dudo que sea el caso).
A partir de ahí también depende del 'estilo' que tengas puesto en la cámara (neutro, retrato, noche, etc...) te hace un revelado o otro, por lo que el histograma será uno o otro. Lo realmente raro es que tal y cómo dices en la cámara no te salga quemado y en el raw sí. En este caso a mi se me ocurren dos posibilidades:
A) Lo que tú dices, es cosa del balance de blancos. Aunque si en CR pones 'cómo se ha tomado' debería tener el mismo WB que la cámara (es el correcto?).
B) Tienes unos presets de revelado agresivos. Quizá el contraste (por defecto a 5), el brillo, la exposición o algún parámetro hace que el revelado sea diferente (más agresivo) que el que en su momento hizo la cámara, y por eso se te quema el cielo.
De cualquier modo, debe ser posible recuperar las luces en cuestión, de un modo u otro. Igualmente tampoco soy experto, si me equivoco que alguien me corrija por favor.
Un saludo