Deberías probar a colocar el 50 mm (objetivo con el que te salen las manchas) en otra cámara y hacer una prueba con el mismo ajuste de abertura y si es posible en el mismo lugar y a hora similar (por descartar, por extraño que pudiera parecer, problemas por algún tipo de reflexión interna...flare, etc). Si la mancha sigue saliendo, el problema es del objetivo. Si acoplándole un parasol o variando el ángulo de toma respecto a la fuente de luz la mancha no aparece, el problema es de flare.
Si con otros objetivos, cerrados a f 22, en tu cámara no aparece mancha alguna, el sensor está bien. Si aparece mancha, el sensor está sucio.
Si la suciedad está en el visor o en el pentaprisma o en el espejo, sólo debería ser una molestia en lo que respecta a la visión a través del ocular. Por mucha "caquilla" que tuviesen estos elementos, la imagen que captase el sensor tendría que aparecer sin mácula alguna.
