Podría ser que aquellos que no te deja meter es que en su tiempo no estaría guardados con "máxima compatibilidad".
Por defecto creo recordar que viene en "preguntar".
Es necesario esta opción si los PSDs se necesitan meter en otra aplicación (para maquetar, LR, etc) porque lo que hace es crear una versión "acoplada" de la misma y así los demás programas pueden ver el PSD.
La pega, es que generar esta imagen, además de hacer que ocupe más, tarda más tiempo en hacerlo. Pero creo que hoy por hoy es absolutamente necesario.