Pasaros a Capture One, todo es más sencillo 
Si hace lo mismo con las carpetas, le ocurrirá lo mismo. 
Capture one almacena los datos de revelado en la propia carpeta de las fotos y a mi me ha pasado un cambio de letra y se recupera todo sin problemass y en un periquete.
Entendí que fue él el que borró la carpeta, pensando que se había duplicado al hacer la importación...
La verdad es que me da la impresión de que por no leer todas las opciones de importación nos hacemos (me incluyo) la "pixa un lío". En la ventana de importación, similar a ésta,
(fuente:google)en la parte de la derecha aparece la estructura FISICA del disco donde se van a almacenar las imágenes que quieres importar. Copia (o mueve según opciones) cada archivo desde la tarjeta hacia esa carpeta, creando si se desea una carpeta nueva para esa importación, con la ventaja de que a su vez las está "importando" al catálogo con el que estás trabajando, puedes etiquetarlas, cambiar el nombre, ajustar un revelado... etc...
Vamos, que copiar primero los archivos a una carpeta, abrir LR, importar esa carpeta al catálogo, (con el riesgo de duplicar innecesariamente carpetas/archivos), evidentemente es otra forma de hacerlo, pero francamente, lo veo innecesario.
