La estabilización en macro no tiene practicamente aplicación y menos cuanto más acercamiento al motivo. El estabilizador realiza su función en el plano del sensor, pero no en la dirección de los planos perpendiculares al sensor, como son los movimientos de acercamiento-alejamiento (y viceversa) que inevitablemente le demos a la cámara sujetándola a pulso. Un trípode o minitrípode sería la opción de estabilización lógica o el uso de grandes velocidades cuando se dispone de la suficiente luz.
Sobre precios de Canon, ni idea. Supongo que parecidos a Nikon en que ambos (100mm y 60mm) son de calidad. Yo me plantearía el 100mm más para motivos o sujetos que no nos permitan el acercamiento del 60mm. Para motivos estáticos y accesibles creo mejor el 60mm, con menos peso, más económico, semejante calidad y fácilmente de suplir esos cms de focal con un pequeño acercamiento al motivo, sin hablar de que las vibraciones serán menores al tener menos focal.
También se pueden considerar objetivos chachipirulis de otras marcas como los Carl Zeiss, manuales todos y sin estabilizador pero más carillos. El famoso MP-65 de Canon exclusivo para grandes acercamientos y también poco económico...
En resumen, me decantaría por el de 60mm si no es para pequeños animalillos asustadizos que no permitan mucho acercamiento.
Saludos.