Hasta donde sé (yo también estuve mirando ese transeiver) la diferencia en coger un controlador es porque tiene un LCD y eso facilita mucho el uso para programar los grupos y las potencias. Y, especialmente, para visualizar la programación.
Yo creo que tener el controlador no es indispensable ya que funcionaría igual pero es muy importante por lo que te expliqué.
Comparía dos transeivers si tuviera otro flash que requiriera su propio disparador. Puesto que el transeiver de Yongnuo pasa toda la información completa a la zapata que tiene encima. Eso te permite poner el transeiver sobre la zapata de tu cámara y a su vez poner encima el trigger del otro flash y disparar simultáneamente dos flashes de diferente marca.
También la zapata sirve para poner otro flash encima de la cámara mientras lo usas de trigger.