Yo me refería a borrar todo, no sólo las fotos, te cargas la carpeta DCIM.
No vale formatear en la cámara ya que la misma respeta la numeración de la tarjeta y la cámara pilla la de esa. Para reestablecer el número tendrías que dejar limpia la tarjeta cambiar la cáamra a resetear la numeracion con cada tarjeta nueva, hacer una foto, (empezará en 0001) borrar de nuevo la tarjeta, copiar en ella una foto con la última numeración buena, volver a cambair el contador al modo continuo y seguir haciendo fotos.