Bueno, aquí algo puedo aportar, por lo que se de otro mundillo de "chiquinofes" electrónicos, las PDAs y PPCs. Según parece las SD son más rápidas, pero más inestables. De hecho, algunos programas para el PPC recomiendan no instalarlos en la SD porque luego no funcionan bien. Ahora bien, yo en mi PDA, tras 3 años de uso, no he tenido que formatear nunca la SD y varias veces la CF (aunque también es justo decir que en la CF metía y quitaba información más constantemente).
En fin, no se si ayuda mucho, pero... saludos,
JotaEle