Merge Layers:
Acoplar las capas seleccionadas.
Merge Visibles:
Acoblar las capas visibles.
Flaten Image:
Acoplar todas las capas en una llamada Fondo (Background).
Esta última opción es necesaria para poder guardar como Jpeg.
Comentar que la versión CS2 es la primera que permite seleccionar varias capas (ideal para cambiar tipografia en varias capas a la vez, alinearlas, etc...) con lo que para conseguir lo que antes se hacía con Comando+click sobre la capa (para seleccionar solo el contenido de la capa) ahora es necesario hacer el click sobre la miniatura de la capa. (esto ya se ha comentado en otro post).