Creo que CameraWindow no es para ello, si no para hacer capturas con la cámara directamente al ordenador... si la tienes conectada e iPhoto con ella... seguramente CameraWindow no la "vea" por estar otra aplicación utilizandola...
Con las preferencias de ImageCapture (la aplicación de Apple en la carpeta Aplicaciones) tienes la opción de definir el programa que se ejecutará cuando la cámara sea conectada... si no recuerdo mal el programa de Canon es EOS Viewer Utility (o ImageBrowser).
De todas maneras... cuando estes en casa... lo mejor es que la cámara este guardadita... y utilices para las descargas un lector de tarjetas... las copies donde quieras y luego las conviertas con la aplicación que quieras... C1, PS, DPP, etc... Canon hace muy buenas cámaras... con el software no tienen tanto exito