El enfoque de la 5D es mejor que el de la 350D, pero también depende de las lentes que calces. Una 350D equipada convenientemente no presenta problemas de utilización excepto en zonas oscuras o bien muy monótonas. En cualquier caso, el enfoque de la cámara no es para tirar cohetes ni morir de alegría, aunque cumple su función perfectamente. Después de todo, el de la 5D es mejor pero tampoco llega al nivel de las 1D... aunque su cuerpo es más grande que el de la 350D y trabajar con teles largos resulta más cómodo.
Si comprar la 5D en vez de la 350D implica sacrificar dinero en las ópticas yo cogería la 350D y unos buenos objetivos sin dudarlo. Podrás hacer excelentes fotografías. La 5D es más exigente con las lentes que se le montan y debería ir acompañada de las mejores ópticas (que no las más caras) para obtener un buen rendimiento con ella
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En este sentido, si no dispones de mucho dinero, puedes mirar algunos objetivos Canon baratos de focal fija, como el 50 mm semimacro, el 85 mm f/1.8, el 100 mm f/2.8 macro... (éste es algo más caro). Con todos estos obtendrás muy buenos resultados, los montes en una 350D o en una 1Ds Mark II.