Pues tal como tu dices, el segundo tiene el motor de enfoque en el propio objetivo, ademas es de tipo ultrasonico lo que le dota de una mayor velocidad de enfoque y un funcionamiento silencioso y preciso. La diferencia con el primero creo que solo es lo del enfoque ultrasonico y esos botones que tienen en la parte media, que creo que sirven para bloquear el enfoque.
Pero hay otro nuevo 70-200 que no mencionas y es el AF-S 70-200 f2.8 VR, lo que significa que es igual que este último que dices pero con VR, o sea estabilizador de imagen, con lo que puedes conseguir fotos nitidas a pulso a velocidades 3 pasos mas bajas que de costumbre. Eso si, el precio aumenta, creo que está en 1600€ aproximadamente.
Si tienes alguna duda mas, pregunta!