Si las ves en el visor, una opción de perogrullo es que estén en este, por fuera, lo cual es facil de solucionar
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Como supongo que no es eso, la otra opción es que estén en la pantalla de enfoque (quitas el objetivo, pones la cámara boca abajo y es eso que está ahí justo antes del pentaprisma). Así que podrías proceder a limpiarlo con cuidado (tampco va a ser más delicado que limpiar el sensor, digo yo)