en el nikon capture, cuando habres una foto RAW el programa le da el mismo tratamiento que tenias configurado inicialmente en la camara, (la nitidez, modo de color, contraste, balance de blancos, etc), y a partir de ahí tu lo puedes modificar a tu gusto, o sea que la camara habla exactamente el mismo idioma que el programa y se entienden al 100%, pero el ACR de Photoshop no habla el 100% el mismo idioma que las camaras Nikon, y sobre todo donde no se entienden en nada es en el balance de blancos, pero a mi personalmente me gusta mas tratarlas en el ACR (eso ya es cuestion de gustos), se supone que cuando tiras en RAW es para despues hacer un postproceso y en parte toquetear todos estos parametros, sino sacaria directamente en JPEG,
saludos