El usar USB o FireWire es indiferente si se te estropea el equipo, pues todos son susceptibles de estropearse.
Yo he trabajado con USB desde que existe, 1.0, 1.1 y 2.0 y no he tenido nunca un problema de pérdida de datos.
Y por problemas, puede ser la tarjeta, el lector, la controladora del PC/MAC o el propio chipset de la placa base.
Prueba a descargar desde la cámara, una tarjeta llena tres o cuatro veces. Comprueba después si las fotos están bien. Si no tiene ningún problema, realízalo con el lector de tarjetas y vuelves a comprobarlo. De esta forma te puedes hacer una idea de si el problema está en el lector o en el ordenador.
Para mayor certeza, cuando compruebes las fotos puedes utilizar un programa de verificación de integridad de archivos, el md5summer es gratuito. Con ello, los ficheros darán un número hash único, que se tendrá que repetir con cada una de las copias que hagas. Bueno, si quisieras probar de esta forma, mándame un privado y te lo explico mejor, no creo que este foro sea para explicar estas cosas
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