Puedes usar dcraw que te permite convertir un archivo, a través de la linea de comandos, al formato PPM. Luego, con Netbpm (creo), por ejemplo, conviertes ese PPM en JPG.
No lo he probado, pero sería algo así:
dcraw -c archivo.raw | cjpeg > archivo.jpg
Puedes hacerte un pequeño archivo de proceso por lotes que lo haga de una pasada, sustituyendo el nombre de archivo por lo que haya en el directorio.
Y sinó, emplea como ya te han dicho RawShooter.... Más facil que eso no tendrás nada, so PUTO!