Yo también tengo la 5D y he probado todas las combinaciones... 70-200 con 1.4x, 70-200 con 2x y 100-400
Mi recomendación es que depende de qué es lo que vayas a usar más. En el rango de 70 a 200 de lejos el 70-200 es el mejor... y encima es f2.8
De 200 a 280 el 70-200 con 1.4x y el 100-400 pueden estar parejos.
De 280 a 400 mejor el 100-400 porque el dupli 2x no es demasiado bueno.
En esa tesitura, yo optaría (opté) por el 70-200 pero, como te digo, depende de lo que vayas a hacer.
Y si te compras el 70-200, también te recomendaría reconsiderar la compra del 24-105 (y si te compras el 100-400 también)... yo me quedaría con el 24-70... tener f2.8 en todas las focales y con una full frame creo que es algo inpagable; aparte de que la calidad es mejor.
Hasta ahora