Usando cualquier programa "Gui" de las PTools (PTGui, PTAssembler, Hugin, etc) no es preciso girar las fotos tanto si las has tomado verticales como apaisadas. Los "Gui" detectan perfectamente cual es su posición. Si las giras antes de abrirlas con el programa, este leerá el ángulo de la toma, desde tu punto de vista, de los exif de la foto, si la giras, los exif no varían y el programa calcula mal por un error de concepto. Si las abres y las giras una vez dentro del programa, este introduce automaticamente el parámetro "roll" adecuado (+90, -90, -180, etc) con lo cual ya estás nuevamente en el buen camino.
Para un edificio basta con que abras las tomas ordenadamente por filas. Si eres del grupo de los "add"+"create"+"ok", puedes tener suerte y los resultados ser satisfactorios, pero si prefieres llevar las cosas un poco más allá, prueba, una vez establecidos los puntos de control normales del programa, a añadirle algunos más del grupo "t2" (esos que sirven para alinear verticales sin más) a los bordes de las paredes, elimina los puntos del cielo o nubes si había viento y optimiza por pasos, mejorarás sustancialmente el resultado.
PTGui adolece, hasta la versión que yo conozco, de no usar más de un par de proyecciones (cilíndrica, esférica y una pobre equirectangular), de ahí que las fotos verticales de edificios sean preciso trabajarlas a posteriori. Necesitan renovarse para adaptarse a las PTools 2.8.04 que ya están pensadas para unas cuantas proyecciones más y muy interesantes (la mercator sin ir más lejos). En su día hubo un post sobre el PTGui y como usar añadidos en él que mejoran enormemente el acabado de las panorámicas.
Mira esta
TOMA, varias filas de varias fotos cada una (no recuerdo cuantas) tomadas todas ellas en vertical y con un 50 mm.
Saludos.