Si tienes los Raw (masters) como referenciados a carpetas fuera de la biblioteca (library) entonces es relativamente fácil. Yo tengo todos los masters referenciados por ese motivo, proceso casi todo en Aperture pero en ocasiones necesito CaptureOne.
Lo que hago es seleccionar la foto en Aperture, Ctrl+click or boton derecho y 'show in finder'. Se abrirá una ventana del finder mostrandote el archivo raw en cuestión. Arrastralo al otro procesador Raw y ya lo tienes.
Para que el resultado vuelva a Aperture yo uso un 'hot folder' o carpeta automática que lo que hace es cada archivo que llega ahí se importa automáticamente al projecto que definas en Aperture. Lo único que tienes que hacer tras crear esta carpeta es indicar a ACR or el procesador que usas que el jpg o tiff resultante se salve en esa carpeta.
Si no controlas Automator para crear el Hot folder mira
aquí.