¿y no has probado a hacer todas esas cosas tan interesantes que haces con el toolbox de Procesado de Imagen Digital de Matlab?
tiene unas herramientas muy potentes y sencillas, y también puedes hacer GUIs...
yo lo uso en mi doctorado, y empezando por abrir imágenes de casi cualquier tipo, separar los canales R, G, B y cosas sencillas como modificar el brillo, el contraste, aplicar una curva... hasta filtros complejos, FFTs, detección de bordes... etc. a mi me ahorra mucho trabajo