La ventaja fundamental del Capture, para mí, es que abres los NEF exactamente como los ves en la pantalla de tu cámara. Si ajustas "Configuración de Imagen" en Vívido, Retrato, personalizada,..etc, los ajustes de nitidez compensación de tonos, saturación, ...etc se mantiene activados (luego en el Capture puedes modificarlos), mientras que en otros te abre el NEF (raw) sin aplicar nada a la imagen. El cambio que yo observo fundamentalmente es en el color. De hecho con Ligthroom, cuando descargo las fotos las miniaturas tienen un color que al seleccionar cada foto para visualizar o editar, cambia y no es posible recuperar (se puede trastear para llegar a lo mismo (mismos tonos y saturación), pero es un trabajo que si sabes configurara tu cámara, a tu gusto, ya tienes hecho.
El color Nikon se mantiene mejor con Capture NX, luego saturarlo más ó menos lo puedes hacer en otro programa si te gusta más como lo hace.
La siguiente ventaja, para los que no manejamos bien Photoshop, es que con los puntos de control se pueden tratar zonas con bastante facilidad sin necesidad de precisas selecciones y desenfoques gausianos y demás.
El reductor de ruido es bastante majo.
Saludos.
Rafa.