Comentar que no se ajustan bien de tamaño la imagen previa y la del histograma. 
Es la versión nueva, ¿se puede llamar 1.0.1
?
Por si sirve de algo la resolución de mi pantalla es 1400x1050
sí, esto le pasaba también a otro forero. no sé muy bien a que se debe, creo que es un tema de tamaño de fuentes o no sé, me pierdo. Parece que en vuestros PC's el formulario que contiene el programa se reescala y todo se descuadra. Has probado a resoluciones más "normales"? yo tengo en casa 1280 y aquí 1024 y me salen bien.
Otra cosa, estás comparando un histograma logarítmico con uno lineal, no tiene nada que ver, son incomparables.
Más cosas: cuando le metes un cr2, la librería de XNVIEW lo revelará como le de la gana (en cuanto a brillo, contraste, etc...), por lo tanto las comparaciones con el JPEG de la cámara hay que hacerlas con cautela.