Efectivamente, y dependiendo del panorama, puedes resolver el cosido de dos formas diferentes. Una, "revelas" cada una de las tomas con tu hdr favorito (aplicas a cada una de ellas idénticos ajustes del tonemapping para evitar saltos de contraste y color) y luego coses el panorama final. Puede darte un problema que tú ya indicabas, los elementos móviles de la escena, nada que no se pueda solucionar con un poco o bastante trabajo en el CS. A la hora de obtener el pano final, si lo mezclas en PTGui y añades como opción de mezcla el Enblend, no notarás ningún salto de imagen a imagen.
La otra manera consiste en coser independiente los panoramas y luego fundirlos con el software de HDR. Y sí, sí puedes coser todos ellos exactamente con los mismos parámetros, solamente tienes que abrir el primer grupo de fotos del bracketing (eliges el de tono más normal para que el soft pueda elegir con limpieza los puntos de control) y elaboras el primer panorama. A la hora de guardar, guardas no solamente el pano final, si no tambiénel "proyecto", PTGui lo hará seguramente como un archivo "*.pts". Abres tu segundo grupo de fotos a coser y pulsas Ctrl+T y eliges el "*.pts" que habías guardado. La pano resultante será idéntica a la primera en cuanto a correcciones de lente y cosidos y demás parámetros. Lo haces para cada una de las series del bracketing y ya tienes panos de idéntica factura (no de luminosidad) que tu programa de HDR podrá alinear sin mayores problemas.
Si la pano es multifila como en tu caso, yo confiaría en la posibilidad de que los puntos de control los eligiera el Autosift (PTGui tiene la opción de indicarle donde se encuentra este miniprograma y en consecuencia usarlo), y a la hora de cosido nada parecido al Enblend si crees que puede haber saltos de luminosidad o acudir a la opción Smartblend si se te presenta algún tipo de paralaje en líneas de edificios, ventanas, cables, etc.
Yo no corregiría las deformaciones de lente a priori, el PTGui, usando las PTools, lo hará automaticamente a la hora de "optimizar" y sus resultados son muy buenos en este aspecto. Elige un tipo de "proyección" adecuado, el cilíndrico no creo que le vaya mucho a este tipo de tomas, yo probaría con otras tipo "mercator", que seguramente respetarán más la verticalidad de las líneas.
Saludos.