lo de los canales de color son el quebradero de cabeza de casi todos
Los jpeg no guardan ni capas, cuanto menos selecciones (o canales de color).
Si quieres utilizar un canal de color como blanco y negro, crea una nueva capa, vete al menú Selección y Cargar Selección. Te abre una nueva ventana, donde podrás desplegar en un menú los canales, y coges tu "alfa 3" y aceptas.
Vete al menú edición>rellenar> y coges el blanco. Acto seguido Selección>Invertir selección, y de nuevo a Edición>rellenar y coges el negro.
De esta manera en teoría has aprendido que los canales, entre otras cosas, nos sirven para guardar selecciones.
Evidentemente, luego deberás acoplar la imagen y guardar como, para no perder los datos antiguos de color si los quieres mantener.
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Otra manera, más fácil, de hacerlo, pero en la que se entienden menos los canales, es simplemente ir y visualizar el canal que quieres utilizar como blanco y negro, ir a selección>seleccionar todo, copiar, activas de nuevo los canales RGB estándar, y pegas. Listo
espero que te sirva.