Formatear es mejor que borrar. Al formatear sólo se borra una parte de la memoria, dónde se encuentran los datos de los archivos que contiene la memoria.
Por motivos de construcción de las memorias Flash, al borrar, hay que escribir físicamente en el archivo que contiene la fotografía para eliminarlo, y cada vez que se escribe, se produce un desgaste de la tarjeta.
La pérdida de capacidad de las tarjetas también puede estar relacionada con ese desgaste. Algunas marcas como SanDisk incluyen un 3% más de memoria que la capacidad nominal de la tarjeta. Ese 3% extra lo usan para en el caso de que se produzca desgaste en algún sector de la tarjeta, el firmware lo detecta, lo marca como no usable y tira del 3% extra para mantener la capacidad nominal.
Lo dicho, formatea.