Me parece entender que haces una seleccion basandote en el canal azul para seleccionar el cielo. Y luego trabajas sobre esa seleccion y no en una capa aparte.
Hay un tutorial recientemente publicado por Buenagana en
www.caborian.com , donde describe una forma de procesar que repite en algunas ocasiones el paso de:
A)seleccionar canal
B)convertirlo en mascara de capa
C)Hacer un ajuste (niveles, curvas, balance de color....)
Creo que con eso podrias trabajar mucho mas comodo.
Puede ser que no te haya entendido y no te este contestando a tu duda