Como te comenta Ripo, la calidad óptica es excelente en ambos, aunque la del 60mm en las cámaras sobre las que opera es mayor, en cuanto a aberración cromática y esquinas. Tampoco se nota mucho.
Físicamente el 100 macro de Canon está mucho mejor construído, pero sin embargo es más pesado...
Y sí, con el 60mm se pueden usar los tubos de extensión, oficialmente, los Canon EF 12 II y EF 25 II.
La decisión, como también comentaba Ripo, debería depender del tipo de fotografía que quieras realizar con el objetivo. Para estudio o reproducción es apropiado el 60mm, para insectos, el otro te permite trabajar más alejado. No obstante, si es para trabajo con objetos consideraría el 50mm f2.5 semimacro, que es una gran lente a pesar de resultar bastante primitivo y tal, además es más barato y funciona en todas las cámaras.