Sin duda, el problema es que no tapaste el visor de la cámara, seguro. Compruébalo porque a mí me pasó lo mismo y me salían esas mismas marcas, igualitas
Me acostumbre, con la D90, a hacer fotos de larga exposición con filtros ND sin tapar el visor y no ocurría nada.
Al cambiar a la D800, en las primeras fotos con filtros ND, me aparecía eso y al principio me acojoné un huevo. Luego ví que al tapar el visor las fotos salían perfectas.
Vamos, que no hay ningún problema