Si lo pones como un script del nautilus lo puedes hacer desde el mismo navegador con el ratón.
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Puedes explicar un poco más esto. 
Sí, escribes con cualquier editor este fichero que pongo aquí abajo (sólo lo que está en azul) y lo renombras por ejemplo a extraer_jpg
-----------fichero extraer_jpg-----------------------
#!/bin/bash
dcraw_path=`which dcraw`
#Comienzo del bucle que recorrera todas las imágenes seleccionadas desde el nautilus (via ratón o teclado)
for arg;
do
$dcraw_path -e "$arg"
done----------fin del fichero extraer_jpg ------------------
luego, suponiendo que tu usuario se llama 'pepito' lo copias a
cp extraer_jpg /home/pepito/.gnome2/nautilus-scripts
lo pones como ejecutable
chmod +x /home/pepito/.gnome2/nautilus-scripts/extraer_jpg
y ya está.
Te vas con el nautilus a la carpeta donde tienes los RAW, seleccionas los que quieras y con el botón derecho del ratón verás que aparece un menú, coges la opción SCRIPTS y ahí aparece el nombre de tu fichero 'extraer_jpg', lo pulsas y ......tachan, aparecen tus jpg rápidamente.
Un saludo.
PDT. Para los usuarios de GNOME (entorno gráfico muy extendido en linux y que yo uso) sólo deciros que existe el programa gnome-thumbnailer, que permite ver como thumbnailer los CR2 y muchos otros ficheros RAW desde el propio nautilus
